Statistics on protein trees
The protein tree pipeline is described at the following page.
This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:- Overview
- Gene tree coverage and Gene QC for each species
- Size of gene trees (split by their root taxon)
- Gene tree nodes, and the inference of speciation / duplication events
Overall Summary
Legend | ||||||
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Internal nodes (ancestral taxa) | Node types | Speciations | Duplications | Dubious nodes | ||
Leaves (extant species) | Gene tree coverage | Genes in multi-species trees | Genes in single-species trees | Orphaned genes | ||
Gene QC | Validated genes | Short genes | Long genes | Split genes |
Hydra vulgaris (Swiftwater hydra, 105) (Hydra vulgaris strain 105) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Clytia hemisphaerica (Jellyfish, Z4C2) (Clytia hemisphaerica strain Z4C2) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Acropora millepora (Stony coral, JS-1) (Acropora millepora strain JS-1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Stylophora pistillata (Hood coral, CSM Monaco) (Stylophora pistillata strain CSM Monaco) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Orbicella faveolata (Mountainous star coral, FL) (Orbicella faveolata strain FL) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Exaiptasia diaphana (Sea anemone, CC7) (Exaiptasia diaphana strain CC7) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Actinia equina (Beadlet anemone, AE1) (Actinia equina strain AE1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Nematostella vectensis (Starlet sea anemone, CH2 x CH6) (Nematostella vectensis strain CH2 x CH6) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Dendronephthya gigantea (Carnation coral, DGI-Jeju-01) (Dendronephthya gigantea strain DGI-Jeju-01) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Thelohanellus kitauei (Myxozoan endoparasite) (Thelohanellus kitauei) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Schistosoma mansoni (Flatworm) (Schistosoma mansoni) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Echinococcus granulosus (Dog tapeworm) (Echinococcus granulosus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Owenia fusiformis (Segmented worms) (Owenia fusiformis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Dimorphilus gyrociliatus (Segmented worms) (Dimorphilus gyrociliatus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Helobdella robusta (Freshwater leech) (Helobdella robusta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Crassostrea gigas (Pacific oyster) (Crassostrea gigas) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Mizuhopecten yessoensis (Yesso scallop, PY_sf001) (Mizuhopecten yessoensis strain PY_sf001) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Haliotis rufescens (Red abalone, VD_foot) (Haliotis rufescens strain VD_foot) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Haliotis rubra (Blacklip abalone, DU_JTF1) (Haliotis rubra strain DU_JTF1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomphalaria glabrata (Bloodfluke planorb, BB02) (Biomphalaria glabrata strain BB02) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Lottia gigantea (Owl limpet) (Lottia gigantea) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Gigantopelta aegis (Deep sea snail, Gae_Host) (Gigantopelta aegis strain Gae_Host) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Octopus bimaculoides (California two-spot octopus) (Octopus bimaculoides) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Lingula anatina (Lamp shell, Amm_Jpn) (Lingula anatina strain Amm_Jpn) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Pomphorhynchus laevis (Thorny-headed worm, GPI110) (Pomphorhynchus laevis strain GPI110) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Adineta vaga (Rotifer) (Adineta vaga) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Caenorhabditis elegans (Nematode, N2) (Caenorhabditis elegans strain N2) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Loa loa (Eye worm, Cameroon SouthWest Province isolate) (Loa loa strain Cameroon SouthWest Province isolate) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Limulus polyphemus (Atlantic horseshoe crab) (Limulus polyphemus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Ixodes scapularis (Black-legged tick, PalLabHiFi) (Ixodes scapularis strain PalLabHiFi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Daphnia magna (Fresh water planktonic, NIES) (Daphnia magna strain NIES) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Daphnia pulicaria (Water flea, SC F1-1A) (Daphnia pulicaria strain SC F1-1A) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Daphnia pulex (Common water flea, KAP4) (Daphnia pulex strain KAP4) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Pollicipes pollicipes (Goose neck barnacle, AB1234) (Pollicipes pollicipes strain AB1234) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Amphibalanus amphitrite (Acorn barnacle, SeventyFive) (Amphibalanus amphitrite strain SeventyFive) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Homarus americanus (American lobster, GMGI-L3) (Homarus americanus strain GMGI-L3) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Procambarus clarkii (Red swamp crayfish, Jiangsu) (Procambarus clarkii strain Jiangsu) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Portunus trituberculatus (Swimming crab, SZX2019) (Portunus trituberculatus strain SZX2019) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Penaeus chinensis (Fleshy prawn) (Penaeus chinensis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Penaeus monodon (Black tiger shrimp, SGIC_2016) (Penaeus monodon strain SGIC_2016) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Penaeus japonicus (Kuruma shrimp, Ginoza2017) (Penaeus japonicus strain Ginoza2017) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Penaeus vannamei (Pacific white shrimp) (Penaeus vannamei) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Hyalella azteca (Amphipod, HAZT.00-mixed) (Hyalella azteca strain HAZT.00-mixed) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Tigriopus californicus (Copepod, San Diego) (Tigriopus californicus strain San Diego) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Lepeophtheirus salmonis (Salmon louse, Lsal2020) (Lepeophtheirus salmonis strain Lsal2020) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Eurytemora affinis (Calanoid copepod, Atlantic clade) (Eurytemora affinis strain Atlantic clade) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Zootermopsis nevadensis (Nevada dampwood termite) (Zootermopsis nevadensis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Schistocerca americana (American grasshopper, TAMUIC-IGC-003095) (Schistocerca americana strain TAMUIC-IGC-003095) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Cimex lectularius (Bed bug, Harlan) (Cimex lectularius strain Harlan) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Acyrthosiphon pisum (Pea aphid, AL4f) (Acyrthosiphon pisum strain AL4f) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Anopheles gambiae (African malaria mosquito, PEST) (Anopheles gambiae strain PEST) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Drosophila melanogaster (Fruit fly) (Drosophila melanogaster) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Bombus terrestris (Buff-tailed bumblebee) (Bombus terrestris) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Apis mellifera (Honey bee, DH4) (Apis mellifera strain DH4) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Tribolium castaneum (Red flour beetle, Georgia GA2) (Tribolium castaneum strain Georgia GA2) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Bombyx mori (Domestic silkworm, p50T) (Bombyx mori strain p50T) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Strigamia maritima (Soil centipede) (Strigamia maritima) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Hypsibius exemplaris (Water bear tardigrade, Z151) (Hypsibius exemplaris strain Z151) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Priapulus caudatus (Penis worm) (Priapulus caudatus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Lytechinus variegatus (Green sea urchin, NC3) (Lytechinus variegatus strain NC3) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Strongylocentrotus purpuratus (Purple sea urchin, Spur 01) (Strongylocentrotus purpuratus strain Spur 01) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Acanthaster planci (Crown-of-thorns starfish) (Acanthaster planci) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Asterias rubens (European starfish) (Asterias rubens) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Anneissia japonica (Sea lily, Jap-2015-1) (Anneissia japonica strain Jap-2015-1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Branchiostoma lanceolatum (Amphioxus) (Branchiostoma lanceolatum) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Saccoglossus kowalevskii (Acorn worm) (Saccoglossus kowalevskii) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Hofstenia miamia (Panther worm, MS-H3) (Hofstenia miamia strain MS-H3) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Mnemiopsis leidyi (Warty comb jelly) (Mnemiopsis leidyi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Trichoplax adhaerens (Placozoa, Grell-BS-1999) (Trichoplax adhaerens strain Grell-BS-1999) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Amphimedon queenslandica (Demosponge) (Amphimedon queenslandica) |